《机巧魔神第二季》故事剧情是紧接着第一季的最后一集进行的，机巧魔神翡翠的魔力源由于魔力消耗过大而导致副葬处女——哀音消失；但事情也没有就此结束，在一次被罚打扫游泳池时意外的发现了第一重世界留下的遗迹，根据回忆这里以前似乎是所研究黑洞实验的研究室，但是因为实验失败而导致整个世界濒临毁灭......第一学生会和魔神相克者也没有闲着，但最后由第一学生会和魔神相克者的机巧魔神被摧毁、手提箱被抢走而暂时告一段落。但是夏目智春等人遭到神秘人的袭击，幕后黑手到底是谁呢？