「境界线上的地平线」的故事设定在遥远的未来，在再一次重来的世界里，因复杂的原因使人们除了神州日本以外的地方均无法生存及到达。为了能够重返天上，人们决定重现前地球时代的历史书「圣谱」记载的历史，希望能够基于再现过去人们的历史而能再次回到天上 。可是来到中世纪之时，因为「圣谱」上的装置发生了问题，使「圣谱」不再更新往后的历史，对于为了对付过于严酷的环境而获得力量的各国 ，各自朝神州侵攻及占领了。但因为由他国完全支配神州并没有曾经发生在历史上，因此武力与政治的支配被神州拒绝，各国反而把作为教导组织的学校“教导院”进行政治军事替换，暂定支配了各地。作为由八艘在空中飘浮的船舰所组成的武藏Ariadust教导院，当极其无能的男主角兼武藏Ariadust学院的总长兼学生会长葵托利，遇上了自动人形的女主角P-01s后，新的历史与新的世界冒险便由此展开。