星际恐龙讲述距今六千五百万年前的远古时代，大大小小的恐龙正在当时翠绿潮湿的地球上漫步。突然间，一声巨大的轰鸣划破长空，伴之以一道耀眼异常的光线，随之形成了一个通往另一空间的裂缝。并出现了一艘巨大的，结构复杂的跨时空飞船，飞船放射出强烈的光线将四只小恐龙吸入了实验室中。他们是剑背龙、霸天龙、飞天龙和三角龙。 在亚格尔的高科技手段囚禁下，他们只能以无声的愤怒向他示威。亚格尔为什么选择了恐龙呢? 因为他的意图在于征服他所在的空间。他现在成功地完成了对他的曾一度被破坏近半数的恐怖武器库的重建工作。此时,他正遨游所有空间以找到一种能将其转变成强大的奴隶生物兵的生物。 而那些小恐龙们却并非如他所愿，由于脑容量知识的大量增加，他们也随之聪明了许多。当亚格尔把他们从牢笼中释放出来后，他们对之发起了报复行动。此时, 追踪亚格尔而至的空间警察的飞船也到达了地球。飞船的船长是有着“一切以法条为本”之称的珊娜.当智慧的恐龙们接近她时, 他却意外地放慢了调查的进度. 此时,黄鼠龙和其他两只经快速进化的猛禽烈焰龙、暴子龙猛烈攻击了小恐龙，他们此时已成了亚格尔的左膀右臂。 在与敌人的搏斗中，霸天龙救了珊娜，他坚持要他回到飞船中，并告诫她的同事要小心那些巨大的猛兽。 而这时，在他们的身边突然发生了巨大的爆炸。飞船被炸. 巡逻船上的警员们都纷纷向备用艇冲去. 他们很清楚亚格尔军团的威力, 认识到是该撤回他们自己空间的时候了。此时, 珊娜发现了曾救过她的霸天龙和他的伙伴们，他们也险些被这次大屠杀所毁灭。珊娜利用光线把他们带入飞船，将他们和自己封入救生舱中， 他们的唯一愿望就是能度过这场大灾难。飞船被爆炸激起的巨石所冲击， 但救生舱却使他们安然无恙。猛禽们也正试图回到亚格尔的飞船，而飞船却因爆炸的冲击而踪影皆无。他们知道自身难保， 因此闯入了珊娜的飞船，重新密封了舱门，将自己也封入了救生舱中。 可我们所见到的飞船的最后一幕， 就是它坠入了一个湖中，沉入了湖底。 这时的地球正经历着一场严重的破坏……